Nous sommes en 2017. Sept ans se sont écoulés depuis que le Nouvel Empire de Britannia a déclaré la guerre au Japon. Ce dernier, n'ayant pu résister aux robots de combat de l'Empire (appelés Nightmares), est devenu un territoire de l'Empire connu sous le nom de Zone 11.

Lelouch, jeune étudiant qui se joue des nobles, se retrouve un jour impliqué dans le vol d'une arme chimique, qui s'avère être en réalité une fille, nommée C.C.

Malheureusement pour lui, les soldats de l'Armée Impériale le retrouvent, le prennent pour un terroriste et s'apprêtent à le tuer. C'est alors que C.C. s'interpose. Avant de mourir, elle parvient à accorder à Lelouch un pouvoir le mettant dans un état second, à partir duquel il a la possibilité de donner un ordre à quiconque. Un pouvoir qui force l'obéissance absolue.
Il décide de se servir de ce pouvoir pour permettre à sa soeur, Nanaly, de vivre heureuse.

C'est ainsi que Lelouch va se trouver à combattre sa pattie, Britannia.
Bien des choses ont changé depuis le jour où il a obtenu le Geass.
Sous le pseudonyme de Zero, Lelouch a levé une véritable armée contre Britannia.
Entre les combats, les ruses et les pertes, le jeune Britannien va réussir avec C.C., qui deviendra sa complice, et l'ordre des Chevaliers Noirs, à redonner l'espoir aux gens.
Pourtant, ses plans sont mis à mal. Sans donner de raison, Zero disparait.

Serait-ce la fin des Chevaliers Noirs, des miracles? Pas vraiment.
Lelouch revient au pouvoir, plus déterminé que jamais. Les plans se succèdent, les batailles aussi. Son Geass parvient à bout des adversaires les plus redoutables.
Et voilà qu'il se retrouve au pouvoir, en tant qu'Empreur.
Parmis ses nombreux ennemis, se retrouve sans doute le plus redoutable: sa soeur, Nanaly.
Pouvant désormais voir, au courant du mal qu'a fait son frère, la jeune femme décide de le combattre.
Deux camps se profilent:ceux qui soutiennent Lelouch, le nouvel empereur, et ceux qui soutiennent Nanaly, celle qui pour certains, incarne la "vraie" Britannia.

Et vous, quel camp choisirez-vous?